首先，税务部门认定“虚开”增值税发票，是指的没有真实交易的情况下，开具增值税发票。合同与汇款记录只是证明业务真实性的佐证，是否有真实业务，才是认定是否“虚开”的根本。
比如，A公司开具一张销售甲产品的增值税发票给B公司，A与B签订甲产品的购销合同。B公司有向A公司关于此次交易的汇款记录。
假设1：A公司没有甲产品的进货记录
认定为虚开增值税发票，因缺少“货物流”。除非B公司能够证明确实从A公司购入甲产品，且有提货单、运费单、入库单以及产品实物的类证。否则，B公司获得发票不能被认定。如果B公司能够证明存在“货物流”且交易为真实，则追究A公司进货时的责任。
假设2：A公司有甲产品库存
有货物交割记录的情况下，不会被认定为“虚开”。
增值税发票真实性认定，需要发票流、资金流、合同流、货物流四流合一。只有合同、有走账也可能被认定虚开。
没有同时符合下面的三个条件，仅有合同与款项往来记录，仍然可认定为虚开：
1.纳税人向受票方纳税人收取了所销售货物、所提供应税劳务或者应税服务的款项，或者取得了索取销售款项的凭据;
2.纳税人向受票方纳税人销售了货物，或者提供了增值税应税劳务、应税服务;
3.纳税人按规定向受票方纳税人开具的增值税专用发票相关内容，与所销售货物、所提供应税劳务或者应税服务相符，且该增值税专用发票是纳税人合法取得、并以自己名义开具的。
“三流一致”已经要求了很多年，很多老板和会计人员早就烂熟于心，但很多人对于“四流一致”不是那么敏感。
“三流一致”指的是发票流、资金流和货物流的统一。
日常的经济活动中，随着合同的重要性日益提高，在税务稽查中，合同成为一个非常重要的依据，也就顺理成章地提出了“四流一致”，即货物流、资金流、发票流、合同流一致。
看过了上面的例子，那是不是只要四流不一致就是违规？就是虚开发票？
其实也不是。在实务中，很多情况往往比较复杂，比如：
B公司作为购买方，委托总公司代为支付投标保证金和中标服务费共200万元，合同均为B公司签订，销售方A公司把发票开给B公司。
那么，这里的资金流就不一致了，涉及的200万元增值税，B公司能否允许抵扣？A公司属不属于虚开发票？
当然不算了！这里，总公司扮演了一个代垫款项的角色，取得的200万元专票依然能抵扣。
只要业务真实，因行业或企业资金监管制度规定，发生“付款方与受票方不一致”情形的，原则上是可以抵扣的，但是需出具相关证明资料，比如委托代垫协议、授权书等。
实行汇总缴纳增值税的总分支机构，合同流、资金流、发票流和业务流在特定的情形下，也可以不一致。
残疾人就业保障金是为了保障残疾人权益，由未按规定安排残疾人就业的机关、团体、企业、事业单位和民办非企业单位（以下简称用人单位）缴纳的资金。
根据《国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点有关税收征收管理事项的公告》第三条第五款规定，采取汇总纳税的金融机构，省、自治区所辖地市以下分支机构可以使用地市级机构统一领取的增值税专用发票、增值税普通发票、增值税电子普通发票；
直辖市、计划单列市所辖区县及以下分支机构可以使用直辖市、计划单列市机构统一领取的增值税专用发票、增值税普通发票、增值税电子普通发票。
根据《财政部 国家税务总局关于固定业户总分支机构增值税汇总纳税有关政策的通知》规定，固定业户的总分支机构不在同一县（市），但在同一省（区、市）范围内的，经省（区、市）财政厅（局）、国家税务局审批同意，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报缴纳增值税。
同一省（区、市）范围内实行汇总缴纳增值税的总分机构，增值税发票是总机构统一开具还是总分支机构分别开具，不同地方税务机关执行口径不同，应按照当地政策执行。
还是那句话，是否有真实业务，才是认定是否“虚开”的根本。
国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的第三项明确规定：纳税人购进货物或应税劳务，支付运输费用，所支付款项的单位，必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致，才能够申报抵扣进项税额，否则不予抵扣。
“四流一致”通常是税务部门判定交易是否真实的依据。四流不一致可能会导致其相应的进项税不能抵扣，追补税款及滞纳金，甚至会缴纳相应的罚款。
（1）三流、四流不一致，可能会被怀疑买发票等被认定为“偷税”，从而导致税前不能扣除；
（2）未通过公户支付货款，很容易收到虚开的发票（例如供应商找第三方开票等）。
“四流不一致”，很可能涉嫌“虚开发票”，严重的还会面临刑事责任。
